Penkalas (Kocaçay) Irmağı’nın yukarı kesiminde, Tanrıça Meter Steunene’nin kutsal mağarası civarında yaşayan Frigya’lar öncülü olarak antik kaynaklarda adı geçen Azan adlı mitoloji kahramanın, Su Perisi Erato ile efsanevi Kral Arkas’ın birleşmesinden ortaya çıktığı sanılmaktadır. İşte bu mitoloji kahramanından Aizanoi şehrinin adı kaynaklanmış olabilir. Aizanoi, antik Frigya’ya bağlı olarak yaşayan Aizanitis’lerin ana yerleşmeleriydi.
Kentin yüksek platosu üzerinde bulunan Zeus tapınağının çevresinde yapılan yeni kazılarda, M.Ö.III. bin yıllarından yerleşme tabakaları ortaya çıkmıştır. Yakın zamanda ovanın bir çok yerinde saptanan yerleşme tepeciklerinden biri de Anadolu’nun erken dönemlerinde bu ana kutsal alanın yerindeydi. Hellenistik Dönemde bu bölge değişimli olarak Bergama’ya ve Bithinya’ya bağlı iken M.Ö. 133’te Roma egemenliğine girmiştir. M.Ö.II. I. yüzyıldan ilk sikkeler bilinmektedir. Roma İmparatorluk Döneminde, tahıl ekimi, şarap ve yün üretimi sayesinde zenginleşmiş ve ünü bölge sınırlarını aşmış olan Aizanoi’de kesin kentleşme bulgularına ancak I. yüzyılın sonlarına doğru rastlanmaktadır. Erken Bizans döneminde piskoposluk merkezi iken, VII.yüzyıldan itibaren önemini yitirmiştir. Tapınak düzlüğü Ortaçağda bir hisara dönüştürülmüştür. Selçuk Beyliği Döneminde Çavdar Tatarları boyu tarafından üs olarak kullanılmıştır. (13.yüzyıl) Bu yüzden buraya Çavdarhisar adı verilmiştir.
Aizanoi 1824 yılında Avrupalı gezginlerce yeniden keşfedilmiş ve 1830-1840’lı yıllarda incelenmiş ve tanımlanmıştır. 1926 yılında M. Schede ve D. Krecker başkanlığında Alman Arkeoloji Enstitüsü’nün kazıları başlamıştır. Bu çalışmalara 1970 yılında R. Naumann tarafından yeniden başlanmış olup halen devam edilmektedir.