ABD Sonsuz Özgürlük adını verdiği saldırıyla Afganistan’ı ele geçirmiş oldu. Taliban’a karşı Afganistan’da savaş sürerken, Aralık ayında Bonn’da da siyasi görüşmeler yapılıyordu. Afgan aşiretlerini temsil eden delegeler, Bonn toplantısında, dokuz gün süren görüşmelerin ardından Afgan Milli Meclisi Loya Jirga
Geçici hükümette içişleri bakanlığı görevi Ahmet Şah Mesud’a yakınlığı ile bilinen Tacik asıllı Yunus Kanuni’ye verildi. Hamid Karzai’nin başbakanlığında kurulan geçici yeni yönetim, 22 Aralık 2001’deki yemin töreniyle Kabil’de göreve başladı.
ABD yönetiminin yanı sıra Karzai’yi Kuzey İttifakı da büyük ölçüde desteklemekteydi. Bunun nedeni ise Sovyet işgali sırasında Karzai’nin aktif mücadeleye katılmış olmasıydı. 1992 yılına kadar Peşaver’de sürgün hayatı yaşayan Karzai, Necibullah hükümeti devrildikten sonra ülkeye dönmüş ve dışişleri bakan yardımcısı olmuştu. 1996 yılında Taliban iktidara geldiğinde Taliban’la işbirliği yapmayı denediyse de babasının Taliban tarafından öldürülmesiyle Taliban’a karşı mücadeleye başladı. Sürgün döneminde kralın ülkeye geri dönüşü için mücadele verdi. toplanıncaya kadar başbakan ve bakanlar kurulunu içeren geçici bir yönetim kurulmasını onayladı. Anlaşma, Kuzey İttifakı Heyeti Başkanı Yunus Kanuni, Roma Heyeti Başkanı Abdüssettar Siret, Peşaver Heyeti Başkanı Seyyid Ahmet Geylani ve Kıbrıs Heyeti Başkanı Humayun Cerir tarafından imzalandı. İmza törenine Almanya Başbakanı Gerhard Schröder, Dışişleri Bakanı Joschka Fischer, BM Afganistan Özel Temsilcisi Laktar İbrahimi ile yardımcısı Fransc Vendrell katıldı. Bu konferansta Taliban sonrası Afganistan’da istikrarı sağlayabilecek bir lider arayışına gidildi. Başlangıçta Afganistan’ın eski kralı Muhammed Zahir bu işe uygun görülmüştü, fakat 1-3 Aralık 2001’deki Bonn Konferansı’nda 1992’de Prof. Dr. Sıbgatullah Müceddidi hükümetinde Dışişleri Bakan Yardımcısı olarak görev yapmış olan Hamid Karzai’nin sürpriz bir şekilde altı aylık geçici hükümetin başına getirilmesine karar verildi. Kral Zahir Şah’a yakınlığı ile bilinen ve Peştun olan Karzai, ABD’nin kendisine fazlasıyla güvendiği bir kişilikti.
Geçici hükümetin görev süresinin bitmesinin ardından Haziran 2002’de toplanan Loya Jirga, Karzai’yi devlet başkanı seçti. Karzai’nin Loya Jirga’dan onay alan kabinesinde ağırlıklı olarak Kuzey İttifakı’nın önde gelen isimleri yer aldı. Bunlar arasında Burhanettin Rabbani’nin önde gelen iki adamı General Fehim Savunma Bakanı, Dr. Abdullah Abdullah da Dışişleri Bakanı olarak atandı. Loya Jirga, 2003 yılı sonlarında da yeni Afgan Anayasası’nı onayladı. Bu son iki toplantı kadınların da ilk defa katılım hakkı elde etmesi açısından öncekilerden farklılık gösteriyordu. Son toplantılarda delege sayısının yaklaşık %25’i kadınlara ayrıldı. Eylül 2004’te yapılan devlet başkanlığı seçimlerini Hamid Karzai oyların %55,4’ünü alarak kazandı. Eylül ayında Loya Jirga’nın 502 delegesi de seçildi. Ancak insan hakları örgütlerinin yaptığı açıklamalarda seçimlerin yeterince özgür bir ortamda gerçekleştirilmediği belirtiliyordu. İnsan Hakları İzleme Komitesi (HRW), adayları sindiren ve oy satın alan sayısız yerel ordu ve istihbarat kumandanını belgelerle kayda geçirdi. Kabil’de uluslararası güvenlik güçleri tarafından korunan istihbarat ve ordu memurları, bir seçim merkezinde adaylarla açıkça dirsek temasındaydı. Pek çok aday korku ve rüşvet ortamından şikayet ediyordu. Kabil dışındaki bölgelerde, birçok bağımsız aday, aday olmaya bile korkuyordu.
Afganistan’da en demokratik seçim ise 18 Eylül 2005’de yapıldı. Afgan halkı, ülkenin yeni meclisini seçmek için oy kullandı. Yeni oluşturulan meclisin üyeleri, 19 Aralık’ta Kur’an-ı Kerim üzerine yemin ederek göreve başladı. Devlet başkanlığı sisteminin yürürlükte olduğu ülkede, Hamid Karzai’den sonra en güçlü lider meclis başkanlığına seçilen Yunus Kanuni oldu. Daha önceki hükümetlerde Eğitim Bakanlığı ve Karzai’nin iç güvenlik danışmanlığını yapan Kanuni, eski Cumhurbaşkanı Burhanettin Rabbani’nin partisindendi. Yeni hükümette de bakanlıklar ülkedeki etnik yapı dikkate alınarak dağıtıldı.
Afganistan’da yönetimi elinde bulunduran Karzai hükümeti, henüz ülkede güvenliği tam olarak sağlayabilmiş değil. Özellikle ülkenin güney bölgelerinde yaşayan Peştun halkın, Taliban hareketine desteği her geçen gün artıyor. Taliban güçleri, eski merkezleri Kandahar’da yeniden toparlanmaya ve ABD güçlerine karşı saldırılarını artırmaya başladı. Taliban dönemi konusunda farklı etnik unsurlar değişik görüşlere sahip olsa da, hareketin tabanı halen önemli bir faktör olmaya devam ediyor.
Bunun yanı sıra ABD’nin desteğiyle Taliban’a karşı kısa sürede güçlenen Kuzey İttifakı’nın başarı kazanması, çoğu kez suni bir başarı olarak nitelendirildi. Karzai Hükümeti’nin kurulmasından yaklaşık bir yıl sonra Afganistan’da parçalanmalar eskisine nazaran daha hissedilir olmaya başlamıştı. Afganistan’da birliği sağlama, Karzai ve ekibi kadar diğer gruplar tarafından, özellikle de Kuzey İttifakı’nın bir kısım liderleri tarafından benimsenmemişti. General Fehim ve Karzai arasındaki rekabet “Geçici Yönetim” zamanında oluşmuştu. Bu yüzden Afganistan’da mevcut Afgan hükümetinin etkinlik sağlayamamasının bir sonucu olarak güç mücadelesi halen devam etmektedir.
Ülkede Taliban rejiminin 2001 yılında devrilmesinden bu yana güvenlik, yoksulluk ve uyuşturucu ticareti büyük bir sorun teşkil etmektedir. Afganistan’da devam eden bu istikrarsızlık, Bonn Konferansı sonrasında vaat edilen yardımlarla ülkede gerçekleştirilmesi beklenen dönüşümün hayal kırıklığıyla sonuçlanmasına neden oldu. Afganistan’ın en son Londra’da toplanan uluslararası konferansla yeni bir döneme girmesi gündeme geldi. 70’e yakın ülkeden temsilcinin iştirak ettiği ve ev sahipliğini Tony Blair’in yaptığı konferansa BM Genel Sekreteri Kofi Annan, ABD Dışişleri Bakanı Condoleezza Rice ve Afganistan Devlet Başkanı Hamid Karzai katıldı. Bu konferansta ülkenin yeniden inşası konu edilirken, 2007’ye kadar illegal milislerin ortadan kaldırılması ve 2010’a kadar İngiliz birlikler tarafından tüm bölgede güvenliğin sağlanması kararlaştırıldı. Afgan hükümetinin bu konferansta yabancı birliklere 5–10 yıl daha ihtiyaç duyacağını ifade etmesi ülkede ne derece etkin olduğunu gözler önüne serdi.