Sovyet Kızıl Ordusu’nun Afganistan’dan çekilmesinin ardından mücahitler Necibullah hükümetine karşı savaşmaya başladılar. Rusların çekilmesinin ardından iyice zayıflayan Necibullah yönetimi, kentleri birer birer kaybetti. Mücahitler Kabil kapılarına dayandığında Necibullah’ın yanında en güçlü komutanlarından biri olan Özbek general Raşid Dostum kalmıştı. Hem kendi bölgesi Mezar-ı Şerif’i hem de Kabil’i mücahitlere karşı savunan Dostum, 1992 yılının başlarında Cemiyet-i İslami Afganistan adlı gruba bağlı Ahmet Şah Mesud’la anlaşarak mücahitlerin 17 Nisan’da Kabil’i ele geçirmelerinin önünü açtı. Devlet Başkanı Necibullah ülkeden kaçma girişiminde bulunsa da daha sonra mücahitlerin Kabil’e girmesine kısa süre kala Kabil’deki BM binasına sığındı.
Necibullah iktidarının devrilmesinin ardından Afganistan iç savaşın içine düştü. Bütün gruplar Kabil’de otoriteye hakim olmak istiyorlardı. Ahmet Şah Mesud komutasındaki mücahit birliklerinin Kabil’e girmesinin ardından, kent dışında mücahit gruplar arasında çatışma başladı. Kabil dışında bir yandan Rabbani ve Şah Mesud birlikleriyle Hikmetyar birlikleri arasında çatışmalar yaşanırken, diğer yandan şehir merkezinde de Şii Hazaralardan oluşan Abdulali Mezari liderliğindeki Hizb-Vahdet (Hazara) ile Abdurrab Resul Sayyaf liderliğindeki İttihadi İslami (Peştun) birlikleri arasında çatışmalar yaşanıyordu. Bu çatışmalardan kısa bir süre sonra General Dostum birlikleri (Özbek ve Türkmen) saf değiştirerek Hazaraların yanında yer aldı. Tacik Ahmed-Şah Mesud birlikleri ise Peştun asıllı Resul Sayyaf birliklerini destekledi. Dostum birlikleri ve Hazaralar, Kabil için kısa bir süre önce savaştıkları Hikmetyar ile anlaşarak Afganistan’da Rabbani ve Şah Mesud’un başını çektiği Afganistan İslam Devleti ve Hikmetyar ile General Dostum’un başını çektiği Muhalif Gruplar olmak üzere çatışan iki grubun ortaya çıkmasına neden oldular. Ancak bu çatışmaların ardından Dostum birlikleri başarısızlığa uğrayarak bölgeyi terk etmek zorunda kaldı.
Nisan 1992’de Pakistan’ın Afganistan sınırındaki Peşaver kentinde toplanan mücahit gruplar, Afganistan İslam Devleti’nin kurulduğunu açıkladılar. Ancak iki büyük grup Hikmetyar’ın Hizb-i İslami’si ve Rabbani’nin Cemiyet-i İslami’si arasındaki ihtilaflar nedeniyle devlet başkanlığı daha tarafsız biri olarak görülen Cephe-yi Necat-ı Milli Afganistan grubunun Tacik asıllı başkanı Sıbgatullah Müceddidi’ye verildi. Gülbeddin Hikmetyar başbakan, Rabbani’nin Cemiyet-i İslami grubunun bir yan kolu olan Şura-yı Nazar’ın Tacik komutanı Ahmet Şah Mesud da savunma bakanı oldu. Ancak bu durum bile ihtilafları azaltmadı. Mücahit gruplar özellikle İslam alimlerinin devreye girmesiyle aralarında tam dört anlaşma yaptı. Ancak bu anlaşmaların uygulamaya geçirilmesi kısa süreli olarak imkan buldu. Örneğin Peşaver Anlaşması gereği altı ay cumhurbaşkanı olarak kalan Müceddidi, yerini Rabbani’ye bıraktıktan sonra 1993 yılında Rabbani ve Hikmetyar, Afganistan’ın yeniden yapılandırılması için harekete geçerek önce İran’ı sonra Suudi Arabistan’ı ziyaret ettiler ve yardım sözü aldılar. Ancak Hikmetyar’ın Celalabad kentinde yapılması planlanan kabine toplantısına, kendisine yönelik suikast planlandığını öne sürerek katılmaması, ortamı yeniden gerdi ve çatışmalar yeniden başladı.
Hikmetyar 1993 yılında çekildiği Kabil’in güneydoğusundaki Çarasyab bölgesinden başkenti bombalamaya başladı. Bir yandan Burhaneddin Rabbani ve Şah Mesud birlikleriyle Hikmetyar birlikleri arasında Kabil’in dışında çatışmalar yaşanırken diğer yandan küçük gruplar Kabil içinde çatışmalara başladı. BM’nin Afganistan özel temsilcisi Mahmud Mestiri ve Pakistan’ın da devreye girmesi çatışmaları önleyemedi. İki lider arasındaki bir başka çatışma konusu da şüphesiz cumhurbaşkanlığı görevini sekiz aylığına üstlenen Burhaneddin Rabbani’nin ülkede karışıklığın olduğu gerekçesiyle görevini bırakmaması ve verilen yetkiyi iki yıl daha uzatması oldu. Bu dönemde başkent Kabil savaş zamanında bile rastlanmayan büyük bir yıkıma uğradı, binlerce kişi bombardıman ve çatışmalar sonucu hayatını kaybetti. Ülkede önü alınamayan bir iç savaş sürerken 1994 yılının Kasım ayında güneyde Peştunların yoğunluklu olarak yaşadığı Kandahar’da Diyobend medresesine bağlı Molla Muhammed Ömer adındaki din adamının etrafında toplanan öğrenciler, Taliban (öğrenciler) hareketi ile kuzeye doğru ilerlemeye başladı.