Hz.Ebubekir'in HicretiSevr mağarasına ilk giren Hz. Ebû Bekir, (r.a.) mağarada keşif yaptıktan sonra Rasûlullah içeri girmiştir. Ebû Bekir'in kızı Esma yolda yemeleri için azıklarını hazırlamıştı. Onlar Mekke'den ayrılınca müşrikler her tarafa adamlarını yollayarak aramaya başladılar. Kureyş kabilesinin müşrikleri Ebû Cehil başkanlığında Esma'nın evini aradılar, hakaret edip dayak attılar.
Hz. Ebû Bekir (r.a.) hicret yolculuğuna çıkarken yanına bütün parasını almıştı. Buna rağmen kızı Esma onun nerede olduğunu, nereye gittiğini kâfirlere söylememiştir. İz süren Mekkeli müşrikler Sevr mağarasına kadar geldiler. Rasûlullah bu sırada Kur'ân'da anlatıldığı biçimde şöyle diyordu: "Üzülme, Allah bizimledir" (et-Tevbe, 104/40). Nitekim Allah ona güven vermiş, göremedikleri askerleriyle onu desteklemiştir; Allah güçlüdür, hakimdir. Kâfirler tüm aramalara rağmen onları bulamadılar. Mağarada üç gün kaldıktan sonra Medine'ye yönelen Rasûlullah ile Ebû Bekir Kuba'ya vardılar.
Ebû Bekir mağarada kaldıkları günü şöyle anlatır: "Rasûlullah (s.a.s.) ile beraber bir mağarada bulundum. Bir ara başımı kaldırıp baktım. O anda Kureyş casuslarının ayaklarını gördüm. Bunun üzerine, 'Ya Rasûlullah, bunlardan birkaçı gözünü aşağı eğse de baksa muhakkak bizi görür' dedim. O, 'Sus ya Ebû Bekir. İki yoldaş ki, Allah onların üçüncüsü ola, endişe edilir mi?' buyurdu.
Kuba'da üç gün kalan Rasûlullah ile Hz. Ebû Bekir nihayet Medine'ye vardılar. Medine'de Hz. Ebû Bekir humma hastalığına tutuldu. Hastalık ilerleyip yatağa düştüğünde Rasûlullah, "Allah'ım Mekke'yi bize sevgili kıldığın gibi Medine'yi de bize sevgili kıl, hummayı bizden uzaklaştır' diye dua ettiği zaman Hz. Ebû Bekir ve hasta olan diğer sahâbîler iyileştiler. Bu aradâ Hz. Âişe ile Hz. Muhammed (s.â.s.)'in düğünleri yapıldı. Mescidi Nebî inşâ edildi. Masrafların bir kısmını Hz. Ebû Bekir karşıladı. Medine'de kardeşlik tesis edildiğinde Ebû Bekir'in kardeşliği Harise b. Zeyd oldu.
Hz. Ebû Bekir Medine'de Mescidi Nebî'nin inşasına katıldı. Rasûlullah İslâm'ı yaymak ve düşmanlar hakkında bilgi toplamak için seriyye denilen keşif kollarını Medine dışına gönderiyor, bunlara bazen Hz. Ebû Bekir de katılıyordu. Rasûlullah ile birlikte bizzat çarpıştığı savaşlarda (Bedir'de, Uhud'da, Hendek'te) Ebû Bekir de yer aldı. O, Müreysi, Kurayza, Hayber, Mekke, Huneyn, Taif gazvelerinde de bulundu. Rasûlullah'ın bizzat idare ettiği harplere gazve denir.
Ebû Bekir, bu sözü geçen büyük savaşlardan başka, otuzdan fazla gazveye katılmıştır. Çarpışma olmaksızın Veddan, Buvat, Bedr-i Ûlâ, Uşeyre gazveleriyle de düşmanlar itaat altına alınmıştır. Bütün bu gazvelerde Hz. Ebû Bekir, Rasûlullah'ın en yakınında yer almış olup onun "veziri" gibi idi. Bedir'de, oğlu Abdurrahman müşrikler safında yer aldığında Ebû Bekir oğluyla çarpışmıştır.
Sadece o değil, Bedir'de birçok sahâbî, oğlu, kardeşi, babası, dayısı ile çarpışmıştı. Bedir savaşı, müslümanların İslâm'ı herşeyden üstün tuttuklarını, Allah için en yakınları olan müşrikleri kan bağı veya kabile taassubu içinde kalmadan, başka insanlardan ayırdetmeden öldürdüklerini göstermektedir. Rasûlullah'ın bir amcası Hamza, İslâm ordusu safındayken öteki amcası Abbas, düşman safındaydı. Yeğeni Ubeyde kendi yanındayken, öteki yeğenleri Ebû Süfyan ve Nevfel müşriklerle beraberdi. Hattâ kızı Zeyneb'in eşi Ebû'l-As da Rasûlullah'a karşı müşriklerle birlikte savaşıyordu.
Hicretin 9. yılında Medine'de büyük bir kıtlık oldu. Bu arada Bizans İmparatoru, Şam'da Hicaz bölgesini istilâ etmek üzere büyük bir ordu hazırladı. Rasûlullah, bu orduya karşı İslâm ordusunu hazırlarken, kıtlık sebebiyle zorluklarla karşılaştı. Ebû Bekir malının hepsini bu ordunun hazırlanmasında kullandı. Onuncu yılda "Vedâ Haccı"nda bulunan Allah'ın Rasûlü, onbirinci yılda hastalandı.
